Η ονομασία Μέγαρα διατηρήθηκε από τα αρχαία χρόνια μέχρι σήμερα και μόνο στον Μεσαίωνα απαντάται ο τύπος Μάγαρα. Οι γραπτές μαρτυρίες διασώζουν πολλές διαφορετικές εκδοχές για την ονομασία της πόλης. Ο Παυσανίας, καταγράφοντας την άποψη των Μεγαρέων, τη συσχετίζει με τα «μέγαρα», τα ιερά της Δήμητρας, τα οποία ίδρυσαν για πρώτη φορά όταν βασιλιάς ήταν ο Καρ, γιος του Φορωνέα, προς τιμή της θεάς, η λατρεία της οποίας ήταν πανάρχαια και προϋπήρχε.
Ο Ηρόδοτος και ο Στέφανος ο Βυζάντιος αποδίδουν την ονομασία στον ήρωα Μεγαρέα, γιο του Ποσειδώνα. Η τελευταία ερμηνεία απηχούσε και τις αντιλήψεις των Βοιωτών, σύμφωνα με τον Παυσανία, αφού ο Μεγαρέας, που κατοικούσε στην Ογχηστό, ήρθε με στρατό Βοιωτών και βοήθησε τον βασιλιά των Μεγάρων Νίσο στον πόλεμο κατά του βασιλιά της Κρήτης Μίνωα. Σκοτώθηκε, όμως, στη μάχη και θάφτηκε στην πόλη, η οποία πήρε το όνομά του. Πρωτύτερα η πόλη ονομαζόταν Νίσαια.