Η ΕΥΔΑΠ ιδρύθηκε το 1980 με το Νόμο 1068/1980 “περί συστάσεως ενιαίου φορέως Υδρεύσεως – Αποχετεύσεως Πρωτευούσης”, μετά από τη συγχώνευση της Ανωνύμου Ελληνικής Εταιρείας Υδάτων των Πόλεων Αθηνών – Πειραιώς και περιχώρων (Ε.Ε.Υ.) και του Οργανισμού Αποχετεύσεως Πρωτευούσης (Ο.Α.Π.). Στη σημερινή νομική της μορφή περιήλθε το 1999, όταν τα κυριότερα πάγια της εταιρείας, δηλαδή τα φράγματα, οι ταμιευτήρες, τα εξωτερικά υδραγωγεία και τα αντλιοστάσια, απορροφήθηκαν από την Εταιρία Παγίων ΕΥΔΑΠ ΝΠΔΔ, παραμένοντας στην κυριότητα του Ελληνικού Δημοσίου.
Τον Ιανουάριο του 2000, η ΕΥΔΑΠ εισήχθη στην κύρια αγορά του Χρηματιστηρίου Αθηνών. Το μεγαλύτερο ποσοστό των μετοχών ανήκει στο Ελληνικό Δημόσιο, το οποίο έχει την πλειοψηφία της εταιρείας. Από την 22/02/2018 το 49,96% πέρασε στο Δημόσιο και το 11,37% παρέμεινε στο ΤΑΙΠΕΔ. Το Δημόσιο συνεχίζει να ελέγχει το 61,33%.
Η περιοχή αρμοδιότητας της ΕΥΔΑΠ είναι η μείζων περιοχή της Αττικής. Όμως η ΕΥΔΑΠ έχει τη δυνατότητα να παρέχει όλο το εύρος των υπηρεσιών της και εκτός περιοχής αρμοδιότητάς της μέσω θυγατρικών Εταιριών και μέσω σύναψης προγραμματικών συμβάσεων με τους ΟΤΑ.