Το 1919 ο Ελευθέριος Βενιζέλος κάλεσε στην Ελλάδα τον Γεώργιο Παγιάρ, καθηγητή του Πανεπιστημίου της Λωζάνης, με εντολή τη σύνταξη οργανισμού για τη ίδρυση και λειτουργία Ανώτατης Εμπορικής Σχολής, κατά το πρότυπο της αντίστοιχης σχολής του Πανεπιστημίου της Λωζάνης.Έτσι το 1920 ιδρύθηκε η Ανωτάτη Σχολή Εμπορικών Σπουδών, υπαγόμενη στο Υπουργείο Εθνικής Οικονομίας. Στη συνέχεια (1926) μετονομάστηκε σε Ανωτάτη Σχολή Οικονομικών και Εμπορικών Επιστημών (Α.Σ.Ο.Ε.Ε.). Το 1935 η Σχολή εγκαταστάθηκε στο κτίριο της οδού Πατησίων 76, το οποίο κατασκευάστηκε με χρήματα της δωρεάς του Γρηγορίου Μαρασλή.
Το 1939 η Σχολή υπάγεται στο Υπουργείο Παιδείας, αναγνωρίζεται ως ισότιμη με το Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών και το Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο και τοποθετείται ιεραρχικά αμέσως μετά το Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών. Το 1955 η φοίτηση στη Σχολή αυξάνεται από τα 3 στα 4 έτη και στο τέταρτο έτος οι σπουδές χωρίζονται σε δύο κατευθύνσεις (τμήματα): Οικονομικών Επιστημών και Εμπορικών Επιστημών. Το 1961 ιδρύθηκε το Ινστιτούτο Επιμορφώσεως εις την Διοικητικήν των Επιχειρήσεων, με στόχο την εξειδίκευση ανώτατων στελεχών στη διοίκηση των επιχειρήσεων. Το Ινστιτούτο λειτούργησε μέχρι και το ακαδημαϊκό έτος 1974-75 (η υποβολή μελετών γινόταν δεκτή μέχρι το Σεπτέμβριο του 1984).
Το 1970 το Εμπορικό Τμήμα μετονομάστηκε σε Τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων, ενώ ο διαχωρισμός των φοιτητών στα δύο τμήματα άρχισε να γίνεται από το δεύτερο έτος σπουδών. Το 1979 ξεκίνησε το πρώτο πρόγραμμα μεταπτυχιακών σπουδών στις Οικονομικές Επιστήμες. Το 1984 η Α.Σ.Ο.Ε.Ε. διαχωρίστηκε σε 3 αυτοδύναμα τμήματα: α) Οικονομικών Επιστημών, β) Οργάνωσης και Διοίκησης Επιχειρήσεων και γ) Στατιστικής και Πληροφορικής των Οικονομικών.
Το 1989 το ίδρυμα πήρε τη σημερινή του ονομασία, Οικονομικό Πανεπιστήμιο Αθηνών, και οργανώθηκε στα ακόλουθα τμήματα:
- Το εσωτερικό του ιστορικού κτηρίου
- Οικονομικής Επιστήμης,
- Οργάνωσης και Διοίκησης Επιχειρήσεων,
- Εφαρμοσμένης Πληροφορικής (μετονομάστηκε σε Τμήμα Πληροφορικής το 1995),
- Στατιστικής,
- Διεθνών και Ευρωπαϊκών Οικονομικών Σπουδών (νέο τμήμα),
- Διοικητικής των Επιχειρήσεων και Μάρκετινγκ (νέο τμήμα που το 1992 μετονομάστηκε σε Τμήμα Επιχειρησιακής Έρευνας και Μάρκετινγκ).
Το 1999 δημιουργήθηκαν δύο νέα τμήματα:
- Τμήμα Διοικητικής Επιστήμης και Τεχνολογίας
- Τμήμα Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής
- Παράλληλα το Τμήμα Επιχειρησιακής Έρευνας και Μάρκετινγκ μετονομάστηκε σε Τμήμα Μάρκετινγκ και Επικοινωνίας.