Το Μουσείο προσκαλεί καλλιτέχνες και επιμελητές από όλον τον κόσμο να μελετήσουν και να εμπνευστούν από τις συλλογές του, δημιουργώντας ένα διάλογο ανάμεσα σε έργα της αρχαιότητας και δημιουργίες της εποχής μας. Ενδεικτικά, έχουν φιλοξενηθεί έργα διεθνώς καταξιωμένων καλλιτεχνών, όπως οι: Pablo Picasso, Thomas Struth, Louise Bourgeois, Sarah Lucas, Ugo Rondinone, Jannis Kounellis, Ai Weiwei, Cy Twombly, George Condo και Sterling Ruby.
Επιμέλεια Προγράμματος Σύγχρονης Τέχνης Μουσείου Κυκλαδικής Τέχνης: Αφροδίτη Γκόνου και Αταλάντη Μαρτίνου (από το 2016), Σύμβουλοι Προγράμματος Σύγχρονης Τέχνης