H Άλκηστις Πρωτοψάλτη έκανε συνεργασίες με καταξιωμένους μουσικούς και συνθέτες της τότε εποχής, όπως τον Ηλία Ανδριόπουλο , Διονύση Σαββόπουλο, Σταύρο Ξαρχάκο, Γιάννη Σπανό. Το 1985 συνεργάζεται για πρώτη φορά με το συνθέτη Σταμάτη Κραουνάκη, παιδικό της φίλο και ο δίσκος Κυκλοφορώ κι οπλοφορώ, σε στίχους Λίνας Νικολακοπούλου, γίνεται σταθμός στην καριέρα της. Θα ακολουθήσει ο δίσκος Ανθρώπων έργα αλλά κι άλλες τέτοιες συνεργασίες μαζί του τα επόμενα χρόνια , όπως στο Δικαίωμα, Τρίτο στεφάνι , ο πολυσυλλεκτικός Όταν έρχονται οι φίλοι μου κ.ο.κ.
Ακολούθησαν συνεργασίες με τον Γιάννη Σπανό, τον Σταμάτη Σπανουδάκη , τον Ηλία Ανδριόπουλο , και τον Goran Bregovic. Σταθμός στην μουσική της διαδρομή η συνεργασία της με το Νίκο Αντύπα η οποία θα δημιουργήσει τους δίσκους Σαν ηφαίστειο που ξυπνά , και Υδρόγειες σφαίρες, σε στίχους Λίνας Νικολακοπούλου. Οι παραστάσεις στο Δημοτικό θέατρο Πειραιά σε σκηνοθεσία του Δημήτρη Παπαϊωάννου έγραψαν ιστορία στα μουσικά δρώμενα και δισκογραφήθηκαν με το Σαν Ηφαίστειο που ξυπνά LIVE . Καταγράφηκαν 300 και πλεον παραστάσεις εντός και εκτός συνόρων. Ακολουθεί ο δίσκος Πες μου θάλασσα με τη συνεισφορά διαφόρων συνθετών / στιχουργών, μεταξύ των οποίων η Δήμητρα Γαλάνη μαζί με την οποία η Πρωτοψάλτη θα εμφανιστεί στο χώρο Vox την περίοδο 2004 – 2006. Ακολουθεί το Να σε βλέπω να γελάς (2004), που σε τρία τραγούδια η μουσική είναι του μουσικού Στέφανου Κορκολή με τον οποίο έκαναν live παραστάσεις για δύο χρόνια στο Gazarte με ιδιαίτερη επιτυχία.