Το χαμένο υποβρύχιο του πολεμικού ναυτικού της Αργεντινής, «Σαν Χουάν», είχε αποσταλεί να αναγνωρίσει και να παρακολουθήσει έναν στολίσκο βρετανικών πολεμικών και αεροσκαφών που κινούνταν γύρω από τα νησιά Φόκλαντς, όπως αναφέρθηκε ενώπιον του Κογκρέσου της χώρας.
Η εξέλιξη αυτή αλλάζει τα δεδομένα, καθώς μέχρι τώρα όλοι οι αξιωματούχοι υποστήριζαν πως το υποβρύχιο βρισκόταν σε αποστολή ρουτίνας και ο λόγος της βύθισής του ήταν ένα βραχυκύκλωμα. Ο επικεφαλής προσωπικού της κυβέρνησης Μάρκος Πένας, απαντώντας σε ερώτηση για την εξέλιξη της έρευνας για το υποβρύχιο, είπε στο κοινοβούλιο της Αργεντινής ότι το San Juan βρισκόταν σε μυστική αποστολή προκειμένου «να καταγράψει κινήσεις και να φωτογραφήσει πλοία, τοποθεσίες, κτίρια, τάνκερ μεταφοράς πετρελαίου και πολεμικά πλοία με άλλες σημαίες», προσθέτοντας ότι είχε και δεύτερη αποστολή του ήταν «να στείλει αυτό το υλικό σε μας, προκειμένου να το επεξεργαστούμε και να διαπιστώσουμε τις κινήσεις πλοίων και αεροσκαφών στην περιοχή των νησιών Μαλβίνας (Φόκλαντ)».
Στη συνέχεια επισήμανε ότι καταγράφηκε λίστα με πλοία και αεροσκάφη της RAF που ταυτοποίησε το υποβρύχιο, στην περιοχή των νησιών Φόκλαντ. Η έγκριση για την αποστολή δόθηκε στις 24 Οκτωβρίου, με τον τίτλο «Control of the Sea Patrol» (Έλεγχος της Θαλάσσιας Περιπολίας), έναν μήνα πριν χαθεί στην άβυσσο το San Juan. Στις 15 Νοεμβρίου, την ημέρα που χάθηκε το στίγμα του, το σχέδιο πέρασε στη «φάση 2, επίπεδο 4», ενώ το San Juan είχε πετύχει να καταγράψει εικόνες και βίντεο από αεροσκάφη της RAF και της τοπικής κυβέρνησης των νησιών Φώκλαντ.
Το επόμενο διάστημα είχε κυκλοφορήσει η φήμη, από συγγενείς του πληρώματος, ότι το υποβρύχιο είχε εντοπιστεί από βρετανικό ελικόπτερο και ότι είχε γίνει εμπλοκή. Η πληροφορία αυτή είχε χαρακτηριστεί «ολοκληρωτικά αναληθής» από το υπουργείο Άμυνας της Αργεντινής. Η ομολογία του επιτελάρχη της κυβέρνησης της Αργεντινής ανατρέπει τα δεδομένα, καθώς πλέον είναι ανοικτό το ενδεχόμενο το υποβρύχιο San Juan να βυθίστηκε από εχθρικά πυρά και να μην εξαφανίστηκε λόγω μηχανικής βλάβης.