Ο Φώτης Καφάτος γεννήθηκε στο Ηράκλειο Κρήτης το 1940 και σπούδασε στα αμερικανικά πανεπιστήμια Κορνέλ και Χάρβαρντ (στο δεύτερο έγινε στα 29 του χρόνια ο νεότερος καθηγητής στην ιστορία του ιδρύματος).
Στην επιστημονική διαδρομή του έκανε πολλές σημαντικές ανακαλύψεις στη μοριακή βιολογία και στη γενετική, αφήνοντας το αποτύπωμά του τόσο στη θεωρητική όσο και στην εφαρμοσμένη βιολογία. Μεταξύ άλλων, η ερευνητική ομάδα του ήταν η πρώτη που κλωνοποίησε το γονίδιο ενός θηλαστικού, ενώ συνέβαλε καθοριστικά στη μελέτη του κουνουπιού φορέα της ελονοσίας.
Μεταξύ 1972-1980 οργάνωσε και αναθεώρησε το πρόγραμμα σπουδών ως καθηγητής του Τμήματος Βιολογίας του Πανεπιστημίου Αθηνών. Στη δεκαετία του 1980 έπαιξε καθοριστικό ρόλο στη δημιουργία του Πανεπιστημίου Κρήτης και του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας (ΙΤΕ), όπου το 1982 ίδρυσε το Ινστιτούτο Μοριακής Βιολογίας και Βιοτεχνολογίας (ΙΜΒΒ).
Το 1994 και έως το 2005 ανέλαβε γενικός διευθυντής στο Ευρωπαϊκό Εργαστήριο Μοριακής Βιολογίας (EMBL) στη Χαϊλδεβέργη, ενώ το 2006 μετακινήθηκε στο Imperial College του Λονδίνου ως καθηγητής και επικεφαλής ερευνητικής ομάδας. Μεταξύ 2007-2010 διετέλεσε πρόεδρος του Συμβουλίου Ευρωπαϊκών Ερευνών (ERC).
Η Πανελλήνια Ένωση Βιοεπιστημόνων (ΠΕΒ) έχει θεσμοθετήσει το "Βραβείο Αριστείας στη Βιολογία – Φώτης Καφάτος" που απονέμεται κάθε δύο χρόνια.
Σχετική ανακοίνωση για το θάνατό του εξέδωσε το Ινστιτούτο ΙΜΒΒ του ΙΤΕ, καθώς και ψήφισμα το πρυτανικό συμβούλιο του Πανεπιστημίου Κρήτης.
Ο πρωθυπουργός Αλέξης Τσίπρας έγραψε στο Twitter: "Ο Φώτης Καφάτος, ένας από τους σημαντικότερους μοριακούς βιολόγους διεθνώς και ένας από τους θεμελιωτές του Πανεπιστημίου Κρήτης, έφυγε από τη ζωή αφήνοντας μεγάλη κληρονομιά στους φοιτητές και τους συναδέλφους του. Συλλυπητήρια στους οικείους του".
Ο πρόεδρος της Νέας Δημοκρατίας Κυριάκος Μητσοτάκης έγραψε στο Twitter: "Ο Φώτης Καφάτος ήταν ένας κορυφαίος επιστήμονας, σπουδαίος δάσκαλος και πάντα παθιασμένος με την Κρήτη! Μακάρι πολλοί νεότεροι να ακολουθήσουν τα βήματα του".