Ακαριαία ήταν η αντίδραση του τέως υπουργού Παιδείας κ. Νίκου Φίλη στην αναφορά που έκανε ο Αρχιεπίσκοπος, σχετικά με τις δεσμεύσεις του πρωθυπουργού για το μάθημα των Θρησκευτικών. Ο κ. Φίλης, χρησιμοποιώντας σκληρή γλώσσα, έκανε την παρακάτω δήλωση:
“Για το ιστορικό της σύγκρουσης του Αρχιεπισκόπου με το Υπουργείο Παιδείας για το μάθημα των Θρησκευτικών και τις αιτίες που την προκάλεσαν, έχω αναφερθεί αναλυτικά στην ομιλία μου κατά την τελετή παράδοσης-παραλαβής του Υπουργείου στις 7 Νοεμβρίου 2016 και δεν προτίθεμαι να επανέλθω. Τα γεγονότα είναι γνωστά και καμιά εκ των υστέρων παραποίησή τους δεν μπορεί να τα αναιρέσει ή να τα διαστρεβλώσει. Όμως, επειδή, ο κύριος Ιερώνυμος, επικαλούμενος κατά τη σημερινή του ομιλία στα μέλη της Ιεραρχίας, κάποια πρακτικά δικής του συγγραφής και εμπνεύσεως, βάζει στο στόμα του Πρωθυπουργού και άλλων, λόγια τα οποία ουδέποτε ειπώθηκαν κατά την συνάντηση της 5ης Οκτωβρίου 2016, παραθέτω από τα επίσημα πρακτικά της Βουλής το σχετικό με το μάθημα των Θρησκευτικών απόσπασμα από την ομιλία του πρωθυπουργού κατά την προ ημερησίας διατάξεως συζήτηση για την Παιδεία στις 28 Σεπτεμβρίου 2016:
Αλέξης Τσίπρας: «…Επαναλαμβάνω, λοιπόν, ότι φέτος τα προγράμματα, στα οποία έχει καταλήξει το Ινστιτούτο, στο οποίο συμμετείχαν διακεκριμένοι θεολόγοι – και έγινε πολύ σοβαρή, κατά την άποψή μου, δουλειά – θα πάνε στα σχολεία. Είναι δοκιμαστική η φετινή χρονιά. Εάν δεν αρκούσε η μία συνεδρία με την παρουσία της Επιτροπής της Εκκλησίας, θα υπάρξουν και άλλες. Θα ακούσουμε τις απόψεις. Ούτως ή άλλως, στο τέλος της χρονιάς θα αξιολογηθεί το μάθημα. Και πιστεύω ότι θα έχουν τη δυνατότητα οι επιστήμονες του Ινστιτούτου, του ΙΕΠ, να καταγράψουν και να ενσωματώσουν τις παρατηρήσεις – γόνιμες παρατηρήσεις, ουσιαστικές παρατηρήσεις – και από την πλευρά της Εκκλησίας. Και σύγγραμμα θα έρθει την επόμενη χρονιά…»
Στο απόσπασμα αυτό, αποτυπώνεται η επίσημη κυβερνητική θέση για τις αλλαγές στο μάθημα των Θρησκευτικών, οι οποίες, παρά τη δική μου απομάκρυνση, υλοποιούνται κανονικά στα σχολεία όλης της χώρας από τη σημερινή πολιτική ηγεσία του Υπουργείου, με βάση τα νέα αναλυτικά προγράμματα του ΙΕΠ. Από τα παραπάνω, καθίσταται σαφές, ότι, ουδέποτε η κυβέρνηση υποσχέθηκε στην Ιεραρχία λύση από μηδενική βάση, ούτε, βέβαια, δέχτηκε, ο αναγκαίος διάλογος να έχει ως προϋπόθεση τη ματαίωση των αλλαγών ή να οδηγεί σε συνδιαχείριση. Συζήτηση ναι, με σεβασμό στους διακριτούς ρόλους Πολιτείας-Εκκλησίας, αλλά, για τα μαθήματα η τελική απόφαση είναι της Πολιτείας. Αυτή την ξεκάθαρη θέση της κυβέρνησης, διατύπωσα προς τους εκπροσώπους των Μ.Μ.Ε., ως υπουργός Παιδείας, κατ` εντολήν του Πρωθυπουργού, έξω από το Μέγαρο Μαξίμου, αμέσως μετά τη λήξη της προαναφερθείσας συνάντησής μας με τον κύριο Ιερώνυμο και τους άλλους τρεις εκπροσώπους της Εκκλησίας”.